Boa noite Paulo,
Tecnicamente é possível fazer o que foi proposto pelo departamento fiscal.
Você pode implementar a BAdI /XNFE/BADI_XML_VALIDATE. Essa BAdI é chamada no passo de validação dos processos. No caso do processo SUBCON2C, a etapa é a SCONVALD (Função /XNFE/PROCSTEP_NFE_SCONVALD).
Essa BAdI recebe como parâmetro de entrada o tipo de processo e o XML e devolve uma tabela do tipo BAPIRET2.
No seu caso, você implementaria a BAdI apenas para o processo SUBCON2C, faria a conversão do XML da NF-e p/ estruturas ABAP usando a função /XNFE/TRANSFORM_NFE_TO_ERP, pegaria a tag refNFE no parâmetro ET_NFREF-REF_NFE. A partir daí, você implementaria sua lógica para validar os itens e caso encontrasse alguma divergência relevante, pode adicionar uma mensagem de erro a tabela ET_BAPIRET2, fazendo com que o processo pare na etapa de validação com erro.
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JN